W Krakowie-Łagiewnikach nowicjat Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia został założony 18 stycznia 1893 roku. Był to drugi w historii Zgromadzenia nowicjat, poza warszawskim, w którym w czasach rozbiorów Polski kandydatki z zaboru austriackiego i pruskiego przygotowywały się do życia w Zgromadzeniu.

Nowicjat rozpoczyna ceremonia obłóczyn, w czasie której postulantka otrzymuje nowe imię zakonne, strój nowicjuszki (czarna suknia z białym welonem) i rozpoczyna podstawowy okres formacji zakonnej. W naszym Zgromadzeniu trwa on dwa lata, z czego pierwszy rok nowicjuszki spędzają we wspólnocie domu nowicjatu, gdyż jest on poświęcony intensywnej formacji duchowej. Czas nowicjatu służy budowaniu coraz głębszej relacji z Jezusem Miłosiernym, by siostra idąc Jego śladami mogła złożyć swe życie w ofierze umiłowanemu nade wszystko Bogu bogatemu w miłosierdzie. Mistrzyni nowicjatu, kierująca procesem formacji, wprowadza młode siostry w życie całkowicie oddane Jezusowi według rad ewangelicznych i zgodnie z charyzmatem Zgromadzenia. Wtajemnicza je w rozwój życia duchowego, modlitwę, ascezę, w liturgię Kościoła, duchowość i apostolat Zgromadzenia. Nowicjuszki mają dobrze poznać sposób życia Zgromadzenia, jego uczestnictwo w życiu i misji Chrystusa, a także uczyć się ufności w miłosierdzie Boże, posłuszeństwa woli Bożej na wzór Maryi Matki Miłosierdzia, wypowiadającej Bogu pełne wiary fiat. Wpatrując się w postawę Jezusa Miłosiernego, nowicjuszki starają się, by duch miłosierdzia przeniknął całe ich życie, a zwłaszcza relacje siostrzane i kontakty międzyludzkie.

W drugim roku nowicjatu siostry nowicjuszki podejmują praktyki apostolskie w domach Zgromadzenia, aby razem z siostrami profeskami pełniej zaangażować się w życie wspólnot zakonnych i różne dzieła miłosierdzia. Ostatnie miesiące nowicjatu siostry spędzają we wspólnocie  nowicjackiej, w której w sposób intensywny przygotowują się do złożenia pierwszej profesji zakonnej.

Jeśli nowicjuszka utwierdziła się w pragnieniu oddania swego życia Bogu i takie samo jest rozeznanie Zgromadzenia, wówczas składa śluby: czystości, ubóstwa i posłuszeństwa według konstytucji Zgromadzenia. Wówczas – na znak konsekracji – otrzymuje habit, czarny welon i krzyżyk, który nosi na pelerynce.

Nowicjat w Krakowie-Łagiewnikach funkcjonuje do tej pory, z przerwą w latach 1961-1971, w których został przeniesiony do Kiekrza, i przygotowuje kolejne pokolenia sióstr do życia i służby w duchu charyzmatu Zgromadzenia.