Założenie dzieła miłosierdzia w Krakowie było pierwotnym pragnieniem matki Teresy Potockiej, gdy w 1862 roku powróciła z Laval (Francja). Musiała jednak z niego wówczas zrezygnować, gdyż władze austriackie nie dawały takich możliwości. Dopiero po sześciu latach, 8 maja 1868 roku, w uroczystość św. Stanisława biskupa i męczennika, powróciła do Krakowa, by w wynajętej plebani przy kościele Miłosierdzia Bożego na Smoleńsku otworzyć drugi (po warszawskim) Dom Miłosierdzia dla kobiet upadłych. Kościół na Smoleńsku był bardzo zaniedbany i zamknięty dla kultu – sprawowano tam Mszę świętą jedynie raz w roku, w święto Podwyższenia Krzyża. Duchową opiekę nad siostrami i pokutnicami sprawowali ojcowie jezuici, a wkrótce dojechał także z Warszawy ks. Zygmunt Golian. Mimo wynajęcia sąsiedniego domu z ogródkiem i połączeniu go krytym korytarzem z plebanią, dom mógł pomieścić tylko dwadzieścia pokutnic. Zgłaszających się zaś było więcej.

26 lipca 1871 roku siostry wraz z wychowankami przeprowadziły się do domu przy zbiegu ulic Straszewskiego i Zwierzynieckiej. Nieruchomość od kamieniarza Gallego nabyła wdowa po zmarłym profesorze Uniwersytetu Jagiellońskiego Antonim Zygmuncie Helclu, a wypełniając wolę męża podarowała dom i realność Zgromadzeniu, które musiało spłacić długi ciążące na nieruchomości. Jednak i tutaj, mimo że warunki lokalowe były lepsze, miejsca wkrótce brakowało. Dom mógł pomieścić tylko pięćdziesiąt pokutnic. Nadto, pierwotnie życzliwa dobrodziejka Helclowa, która zamieszkała z siostrami pod jednym dachem, po pewnym czasie wyprowadziła się i wycofała darowiznę.

19 sierpnia 1891 roku siostry wraz z wychowankami przeprowadziły się do nowego obiektu w Łagiewnikach pod Krakowem, który był fundacją księcia Aleksandra Lubomirskiego. Następnego dnia kard. Albin Dunajewski poświęcił kaplicę klasztorną pw. św. Józefa oraz większe skrzydło klasztoru przeznaczone na zakład wychowawczy, który był wybudowany dla stu dziewcząt, ale przebywało w nim sto trzydzieści, a czasem nawet sto sześćdziesiąt wychowanek. Posesję otoczono murowanym parkanem i nazwano „Józefowem” w dowód wdzięczności św. Józefowi za uproszenie fundacji. W latach 1891-1893 wybudowano drugie skrzydło józefowskiego klasztoru, do którego siostry przeniosły się w 1893 roku. Na frontonie klasztoru umieszczono płaskorzeźbę Maryi Matki Miłosierdzia, Patronki Zgromadzenia i herb książąt Lubomirskich z Krzeszowic.

18 stycznia 1893 roku m. Ksawera Ożarowska, wikaria Zgromadzenia, otworzyła w „Józefowie” drugi nowicjat, poza warszawskim, dla kandydatek z zaboru austriackiego i pruskiego. Mistrzynią została m. Bernarda Tomicka, przełożona domu krakowskiego. Opiekę duchową sprawował nadal ks. Zygmunt Golian i ojcowie jezuici (tylko w latach 1893-1937 siostrom i wychowankom na różne sposoby posługiwało ok. dwustu jezuitów). Przybywali też do klasztoru z posługą inni kapłani: redemptoryści, salezjanie, misjonarze św. Wincentego a Paulo, dominikanie, karmelici, zmartwychwstańcy, paulini, a nawet kameduli.

W czasie pierwszej wojny światowej na posesji Zgromadzenia urządzono szpital dla żołnierzy chorych na tyfus, cholerę, dyzenterię i gruźlicę. Było w nim 800-1000 łóżek w zakładzie i w pobudowanych barakach. Posługiwało im ok. dwudziestu sióstr i jezuita o. Marcin Czermiński. Szpital funkcjonował jeszcze w roku 1920, przyjmując rannych z wojny polsko-bolszewickiej. Zmarłych żołnierzy i jeńców grzebano na cmentarzu wojennym poza obrębem klasztornej posesji, gdzie do dziś znajduje się symboliczny krzyż oraz tablica z napisem: Omnia pro Patria (Wszystko dla Ojczyzny), upamiętniająca groby 266 żołnierzy z 15 narodowości.

W okresie międzywojennym w krakowskim klasztorze ponad 5 lat spędziła Siostra Faustyna Kowalska. Tu odbyła część postulatu, nowicjat i spędziła kilka lat profesji. Posługiwała w kuchni, w ogrodzie i na furcie. Tutaj miała ponad 200 mistycznych doświadczeń, tu powstała większa część jej dzienniczka. Zapisała w nim nie tylko niezwykle bogate życie duchowe, ale przede wszystkim orędzie Miłosierdzia, z którym Jezus posłał ją do całego świata. W tym klasztorze zmarła 5 października 1938 roku, a wraz z jej śmiercią Bóg w tym miejscu złożył dziedzictwo jej życia i prorockiej misji, dlatego posesja Zgromadzenia stała się stolicą kultu Miłosierdzia Bożego. Stąd na cały świat rozchodzi się orędzie o miłosiernej miłości Boga do człowieka i tutaj Ojciec Święty Jan Paweł II cały świat zawierzył Bożemu Miłosierdziu.

Wraz z wybuchem drugiej wojny światowej Niemcy planowali wysiedlić siostry i podopieczne, by utworzyć w klasztorze garnizon wojskowy dla czterystu żołnierzy. Poprzestali jednak na dostarczaniu odpowiedniej ilości upraw z ogrodu i gospodarstwa oraz świadczeniu różnych usług np. prania i szycia bielizny dla żołnierzy. W obawie przed zaplanowaną przez okupanta wywózką wychowanek na roboty do Niemiec, w 1942 roku starsze wychowanki i chore umieszczono u sióstr albertynek na Dębnikach w Krakowie. Na ich miejsce Niemcy przysyłali kobiety i dziewczęta złapane na szmuglu czy innych wojennych „przestępstwach”. Siostry pomagały miejscowej ludności i wysiedleńcom. Katechizowały dzieci w prowizorycznej szkole urządzonej w klasztorze, gdyż łagiewnicką szkołę zajęli okupanci. Współpracowały z Komitetem Łagiewnickim we wspieraniu najbiedniejszych, prowadząc dla nich kuchnię.

W latach okrutnej wojny kaplica i klasztor stały się miejscem szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego. Artysta malarz Adolf Hyła ofiarował obraz Jezusa Miłosiernego namalowany według wizji Siostry Faustyny jako wotum za ocalenie rodziny z wypadków wojennych. 7 marca 1943 roku poświęcił go o. Józef Andrasz SJ i rozpoczął uroczyste nabożeństwa ku czci Miłosierdzia Bożego w trzecie niedziele miesiąca, na które tłumnie przybywali mieszkańcy Krakowa i okolic. Siostry szerzyły kult Miłosierdzia Bożego przez kolportaż obrazków Jezusa Miłosiernego z Koronką i innych materiałów. Do grobu Siostry Faustyny zaczęli pielgrzymować wierni, a do klasztoru dochodziły wieści o łaskach, jakie ludzie otrzymywali przez jej wstawiennictwo. W święto Miłosierdzia 16 kwietnia 1944 roku o. Józef Andrasz SJ poświęcił drugi obraz Jezusa Miłosiernego pędzla Adolfa Hyły odpowiadający wielkością i kształtem wnęce bocznego ołtarza. Obraz szybko zasłynął łaskami. Jego kopie i reprodukcje rozchodziły się po świecie i tak spełniły się słowa Jezusa wypowiedziane do Siostry Faustyny: Pragnę, aby ten obraz czczono najpierw w kaplicy waszej i na całym świecie (Dz. 47). W 1966 roku, w czasie diecezjalnego procesu, doczesne szczątki sługi Bożej Siostry Faustyny przeniesiono z cmentarza zakonnego w głębi ogrodu do kaplicy, a kard. Karol Wojtyła 22 czerwca 1968 roku wpisał tę klasztorną kaplicę na listę sanktuariów archidiecezji krakowskiej.

W sierpniu 1962 roku władze komunistyczne upaństwowiły józefowski Dom Miłosierdzia oraz większą część posesji, pozostawiając do dyspozycji Zgromadzenia jedynie klasztor, kaplicę oraz część ogrodu i cmentarz. W tej sytuacji kard. Karol Wojtyła zachęcił siostry, by podjęły pracę najbliższą charyzmatowi Zgromadzenia i zaangażowały się w opiekę nad młodzieżą na terenie diecezji. Tak w łagiewnickim klasztorze w 1969 roku powstała koedukacyjna świetlica pod nazwą „Źródło”, którą siostry prowadziły przez ponad 20 lat (do czasu odzyskania przez siostry zakładu wychowawczego w 1989 roku), otaczając opieką dziewczęta i chłopców potrzebujących moralnego wsparcia.

Po odzyskaniu przez Polskę pełnej niepodległości 1989 roku Zgromadzenie odzyskało Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy dla dziewcząt oraz zagarniętą przez władze komunistyczne posesję. Siostry podjęły pracę w dziewczętami potrzebującymi moralnej odnowy, ale kierowanymi przez władze sądowe. Równocześnie po odwołaniu Notyfikacji, zabraniającej szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego w formach przekazanych przez Siostrę Faustynę (1978), i publikacji jej „Dzienniczka” (1981) zaczął się znów rozwijać ruch pielgrzymkowy i rosło zapotrzebowanie na materiały związane z osobą i misją Apostołki Bożego Miłosierdzia. W 1987 roku z inicjatywy ks. Wojciecha Kubackiego SJ zaczęło wychodzić pismo „Orędzie Miłosierdzia” oraz inne publikacje poświęcone tajemnicy miłosierdzia Bożego oraz życiu i misji Siostry Faustyny. To wszystko wymagało zaangażowania większej liczby sióstr, a także budowy nowych obiektów: kaplicy Męki Pańskiej, ołtarza polowego i trzech budynków („Józefinka”, „Antoninka” i „Michalinka”) dla sióstr i dla prowadzenia działalności apostolskiej.

Beatyfikacja Siostry Faustyny (18 kwietnia 1993) otworzyła kolejny etap w rozwoju Zgromadzenia i łagiewnickiego klasztoru. Siostry pełniej odkrywając charyzmat Apostołki Bożego Miłosierdzia, na zjeździe 25 sierpnia 1995 roku, przy jej grobie specjalnym aktem uznały ją za swą duchową współzałożycielkę. Kilka miesięcy później kard. Franciszek Macharski, na prośbę przeł. gen. m. Pauliny Słomki, powołał Stowarzyszenie Apostołów Bożego Miłosierdzia „Faustinum” z siedzibą w Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach, aby umożliwić kapłanom, osobom konsekrowanym i świeckim włączenie się w misję Siostry Faustyny przy boku Zgromadzenia i pod duchową opieką jezuitów. Dziś (2018) stowarzyszenie liczy ponad 18 000 wolontariuszy z 88 krajów świata i jest jedynym stowarzyszeniem prowadzącym programową formację w duchu Miłosierdzia (w kilku językach).

Dla rozbudowy łagiewnickiego Sanktuarium metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski w 1997 roku powołał Fundację, której celem była budowa nowej świątyni i zaplecza socjalnego i duszpasterskiego dla pielgrzymów i apostołów Bożego Miłosierdzia. 7 czerwca 1997 roku po raz pierwszy nawiedził Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach Ojciec Święty Jan Paweł II. Wyznał wówczas, że orędzie Miłosierdzia Bożego przekazane przez św. Faustynę było mu zawsze bliskie i drogie, stąd zabrał je na Stolicę Piotrową i ono ukształtowało obraz jego pontyfikatu. Siostry umocnił w pełnieniu misji, jaką Bóg zlecił Zgromadzeniu przez charyzmat Siostry Faustyny. Powiedział, że świat potrzebuje ich posługi głoszenia orędzia Miłosierdzia czynem, słowem i modlitwą i by nie zaniedbały żadnego z tych wymiarów apostolstwa.

W roku jubileuszowym 2000 całe Zgromadzenie i Kościół przeżywał kanonizację Siostry Faustyny, która odbyła się na Placu Św. Piotra w Rzymie i dzięki połączeniom telemostu – także w Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach. Wtedy Jan Paweł II wpisał do kalendarza całego Kościoła święto Miłosierdzia, a orędzie, które przekazała św. Faustyna, dał Kościołowi i światu na trzecie tysiąclecie.

Po raz drugi Ojciec Święty Jan Paweł II przybył do Łagiewnik 17 sierpnia 2002 roku. Wtedy poświęcił nową świątynię i w niej cały świat zawierzył Miłosierdziu Bożemu. Jego następca na Stolicy Piotrowej papież Benedykt XVI nawiedził Łagiewniki 27 maja 2006 roku. Modlił się przed łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego i przy grobie św. Siostry Faustyny, a także w bazylice i Kaplicy Wieczystej Adoracji. Od 2 kwietnia 2005 roku trwa w niej wieczysta adoracja Najświętszego Sakramentu, która sprawia, że Sanktuarium jest otwarte w dzień i w nocy. W Jubileuszowym Roku Miłosierdzia i z okazji Światowych Dni Młodzieży 30 lipca 2016 roku nawiedził Sanktuarium papież Franciszek. Te wydarzenia przyciągnęły przed cudowny obraz Jezusa Miłosiernego i do grobu św. Siostry Faustyny ponad 5 milionów pielgrzymów z ponad 180 krajów świata.

Dar św. Siostry Faustyny i niezwykle dynamiczny rozwój kultu Miłosierdzia Bożego stawia przed Zgromadzeniem nowe zadania apostolskie: postało nie tylko stowarzyszenie „Faustinum” i Wydawnictwo „Misericordia”, które publikuje różne pozycje o św. Faustynie, jej duchowości i misji w kilkunastu językach, ale prowadzona jest szeroka współpraca z mediami państwowymi i kościelnymi, redagowana w kilku językach strona internetowa: www.faustyna.pl (z transmisja on-line, dziełem „Nieustannej Koronki” i „Koronki za konających”) i posługa na Facebooku. Specjalnej troski wymaga kwestia pogłębienia teologicznego dziedzictwa Siostry Faustyny, stąd organizowane w Łagiewnikach sympozja i międzynarodowe kongresy. 2-5 października 2011 roku odbył się również II Światowy Kongres o Miłosierdziu Bożym (WACOM) z udziałem delegacji z ponad 70 krajów świata. Siostry głoszą orędzie Miłosierdzia nie tylko pielgrzymom przybywającym do Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach, ale także wyjeżdżają do różnych parafii w kraju i poza granicami kraju, na wszystkie kontynenty, biorą udział w sympozjach, kongresach o Miłosierdziu Bożym i spotkaniach organizowanych nie tylko w kościołach, by dzielić się tym darem Boga, jakim jest życie i posłannictwo św. Siostry Faustyny.

W najbliższej perspektywie czeka Zgromadzenie dalsza rozbudowa Sanktuarium, dzisiaj bowiem Sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach należy do 30 największych ośrodków pielgrzymkowych wszystkich religii na świecie oraz do ścisłej czołówki sanktuariów pod względem ilości krajów, z których przybywają pielgrzymi.

s. M. Elżbieta Siepak ZMBM

Przełożone w klasztorach krakowskich

1. Kunegunda Kłobukowska (1868-1878)
2. Helena Potocka (1878-1880)
3. Katarzyna Wyczółkowska (1880-1887)
4. Stanisława Gruzińska (1887-1888, kilka miesięcy)

w Krakowie-Łagiewnikach

1. Bernarda Tomicka (1888-1918)
2. Gabriela Mieloch (1918-1920)
3. Rafaela Buczyńska (1921-1927)
4. Serafina Kukulska (1927-1929)
5. Augusta Spis (1929-1934)
6. Irena Krzyżanowska (1934-1946)
7. Teresa Müller (1946-1952)
8. Rita Ruchlewicz (1952-1955)
9. Stefania Sadowska (1955-1958)
10. Zbigniewa Szperkowska (1958-1964)
11. Jolanta Woźniak (1964-1970)
12. Immaculata Bażant (1970-1974)
13. Miriam Ludwig (1974-1983)
14. Gonzaga Walczak (1983-1984)
15. Miriam Ludwig (1984-1994)
16. Klawera Wolska (1994-2004)
17. Łukasza Mędrala (2004-2013)
18. Gracjana Szewc (2013- )

Kapelani

1. Zygmunt Golian (1868-1881)

w Krakowie-Łagiewnikach

1. Jan Paweł Gackowiec (1891-1905)
2. Stanisław Heumann (1905-1934)
3. Kazimierz Prażmowski (1934-1935)
4. Teodor Czaputa (1935-1945), spowiednik nowicjatu (1925-1935)
5. kan. Władysław Matus (1945-1947)
6. dr Alfons Bielenin (1947-1965)
7. Jan Stosur (1965-1988)
8. Wojciech Kubacki SJ (1988-1995), spowiednik (1972-1995)
9. Andrzej Górski (1995-1997)
10. Władysław Mrożek SJ (1995-1997)
11. Zdzisław Wietrzak SJ (od 1997-2015)
12. Tadeusz Kukułka SJ (1997-1999)
13. Janusz Podsada SJ (1999-2005)
14. Andrzej Górski (2005-2006)
15. Jerzy Karpiński SJ (2006-2010)
16. Piotr Blajerowski SJ (2010-2016)
17. Jerzy Konieczny SJ (2015-2016)
18. Józef Pochwat MS (2016- )