Historia sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach jest ściśle związana z postacią św. Siostry Faustyny Kowalskiej (1905–1938) ze Zgromadzenia Matki Bożej Miłosierdzia, przez którą Chrystus przekazał Kościołowi i światu wielkie orędzie o Bożym miłosierdziu. W łagiewnickim klasztorze Siostra Faustyna spędziła kilka lat swego życia i w nim zmarła. Dlatego w tym miejscu zostało niejako zdeponowane orędzie Miłosierdzia, które przekazał jej Jezus i które na Jego polecenie zapisała w „Dzienniczku”.
Klasztor w Łagiewnikach powstał z fundacji księcia Aleksandra Lubomirskiego, finansisty i filantropa zamieszkałego w Paryżu. Z jego funduszy od Bernarda i Samuela Wohlfeldów oraz miejscowych gospodarzy (Żaków, Frasiów, Żyłów) zakupiono kilkanaście hektarów ziemi w podkrakowskiej wsi Łagiewniki (dziś dzielnica Krakowa) i według projektu inż. Karola Zaremby wybudowano obiekt klasztorny w stylu neogotyckim, który został przekazany Zgromadzeniu Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia. 20 sierpnia 1891 kard. Albin Dunajewski poświęcił kaplicę pw. św. Józefa i skrzydło zabudowań klasztornych przeznaczone dla dzieła apostolskiego – pracy nad wychowaniem dziewcząt i kobiet „upadłych moralnie”, które z własnej woli pragnęły zmiany życia. Ze względu na charakter dzieła, konieczność izolacji od świata, klasztor w Łagiewnikach był obiektem zamkniętym. Życie sióstr i wychowanek (100–160) wypełniała modlitwa, praca i dobrze zorganizowany wypoczynek. W pracy wychowawczej odwoływano się głównie do pobudek płynących z wiary, do poszanowania wolności i godności osoby ludzkiej. Ważną rolę odgrywała także praca, która była nie tylko źródłem utrzymania, ale także narzędziem kształtowania chrześcijańskich cnót i prawych charakterów. Na wysokim poziomie prowadzone były pod kierunkiem sióstr pracownie haftu białego i kolorowego, introligatornia, pralnia, gospodarstwo rolne.
W 1893 roku w klasztorze otwarto nowicjat Zgromadzenia, który z przerwą (1961–1971) istnieje w tym miejscu do dzisiaj, a w głębi ogrodu założono cmentarz dla sióstr i wychowanek (1892). Wnętrze kaplicy zostało wykończone w 1896 roku. Ołtarz znajdujący się w głębi prezbiterium został wykonany przez nieznanego rzeźbiarza z Przemyśla. W ozdobnych wnękach umieszczono: w środku figurę Matki Bożej Miłosierdzia – patronki Zgromadzenia, po lewej stronie – św. Stanisława Kostki (patrona młodzieży zakonnej), po prawej – św. Marii Magdaleny (patronki pokutnic). W bocznych ołtarzach umieszczono obrazy: po lewej Serca Jezusowego, po prawej św. Józefa z Dzieciątkiem (pędzla Franciszka Krudowskiego). W 1934 wnętrze kaplicy ozdobiły malowidła Zdzisława Gedliczki, które zostały odnowione w czasie generalnego remontu kaplicy w latach 1981-1990. Wtedy okna kaplicy i przedsionka wypełniły witraże Wiktora Ostrzołka, a w 1995 we wnęce okiennej na bocznej ścianie umieszczono obraz św. Siostry Faustyny pędzla Heleny Tchórzewskiej. Przed klasztorem od 1900 roku stoi figura św. Józefa z Dzieciątkiem wyciosana w jednym bloku kamiennym, a w ogrodzie grota Matki Bożej z Lourdes (1909).
W okresie międzywojennym w klasztorze żyła i zmarła Siostra Faustyna Kowalska. Orędzie, które z woli Chrystusa przekazała Kościołowi, zawiera wezwanie do poznawania i głoszenia tajemnicy miłosierdzia Bożego przez świadectwo życia (w duchu ufności wobec Boga i miłosierdzia względem bliźnich), czyn, słowo i modlitwę m.in. przez praktykę nowych form kultu: obraz Chrystusa z podpisem: Jezu, ufam Tobie, Święto Miłosierdzia, Koronka do Miłosierdzia Bożego, Godzina Miłosierdzia (15:00) i szerzenie czci Miłosierdzia. Do każdej z nich Jezus przywiązał wielkie obietnice pod warunkiem właściwej wewnętrznej postawy ufności wobec Boga (pełnienie Jego woli) i czynnej miłości bliźniego.
Chociaż klasztor w Łagiewnikach był obiektem zamkniętym, to jednak w czasach trudnych otwierał bramy i spieszył z pomocą ludziom potrzebującym. W okresie I wojny światowej na posesji klasztornej pobudowano dwanaście baraków dla żołnierzy zakaźnie chorych (800–1000 łóżek) i na ten cel zajęto również część zakładu (300 łóżek), a poza murami klasztoru „na gruntach gminnych łagiewnickich” wydzielono kawałek ziemi na cmentarz dla umierających. W okresie drugiej wojny światowej przyjęto uchodźców, a przy współpracy z gminnym komitetem wydawano obiady dla bezrobotnych i biednych.
W czasie drugiej wojny światowej obiekt klasztorny w Łagiewnikach, zwany od początku ku czci św. Józefa „Józefowem”, został otwarty także dla wiernych przybywających do zakonnej kaplicy i do grobu Siostry Faustyny. Był wśród nich pracownik pobliskiego Solwayu Karol Wojtyła (od 1978 papież Jan Paweł II), który codziennie przechodził obok klasztoru i często wstępował na modlitwę do zakonnej kaplicy. 7 marca 1943 roku o. Józef Andrasz SJ, krakowski spowiednik Siostry Faustyny, poświęcił obraz Jezusa Miłosiernego pędzla Adolfa Hyły ofiarowany jako wotum za ocalenie rodziny z wypadków wojennych i zainicjował uroczyste nabożeństwa ku czci Miłosierdzia Bożego w trzecie niedziele miesiąca, na które przybywali nie tylko mieszkańcy Krakowa, ale i okolic. Wkrótce przełożona klasztoru m. Irena Krzyżanowska zamówiła u A. Hyły drugi obraz, który wielkością i kształtem odpowiadał wnęce bocznego ołtarza. Obraz ten poświęcił o. Józef Andrasz w pierwszą niedzielę po Wielkanocy, 16 kwietnia 1944 roku, w którą po raz drugi w tym miejscu w sposób szczególny oddawano cześć Miłosierdziu Bożemu w dniu wyznaczonym na święto Miłosierdzia. W 1951 roku kard. Adam Sapieha udzielił na siedem lat odpustu zupełnego pielgrzymom nawiedzającym w tym dniu kaplicę zakonną w Łagiewnikach. Od 1959 roku łaskami słynący obraz Jezusa Miłosiernego za zgodą abp. Eugeniusza Baziaka na stałe pozostał w bocznym ołtarzu, przykrywając obraz Serca Jezusa.
Już w latach drugiej wojny światowej klasztor w Łagiewnikach stawał się nie tylko miejscem kultu, ale także ośrodkiem propagowania nabożeństwa do Miłosierdzia Bożego w formach przekazanych przez Siostrę Faustynę. Na uroczyste nabożeństwa ku czci Miłosierdzia Bożego zapraszano wielu kapłanów, a wśród nich po wojnie ks. dr. Karola Wojtyłę, który już wtedy znał zasadnicze treści orędzia Miłosierdzia przekazanego przez Siostrę Faustynę i jak potem wyznał: to orędzie zabrał na Stolicę Piotrową. Notyfikacja Stolicy Apostolskiej na 19 lat (1959-1978) zahamowała spontanicznie rozwijający się kult Miłosierdzia Bożego i napływ pielgrzymów do Łagiewnik. Wtedy (latach 1965-1967) dzięki staraniom kard. Karola Wojtyły rozpoczęto proces o życiu i cnotach Siostry Faustyny, a jej doczesne szczątki przeniesiono z cmentarza do kaplicy (1966).
W sierpniu 1962 nastąpiło upaństwowienie zakładu (większe skrzydło zabudowań klasztornych) i dużej części posesji. Zgromadzeniu pozostawiono kaplicę, budynek klasztorny, cmentarz i część ogrodu. W 1965 roku siostry otworzyły świetlicę środowiskową pod nazwą „Źródło” dla młodzieży niedostosowanej społecznie, która działała do 1991 roku. W 1989 roku Zgromadzenie odzyskało zakład (Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy) i upaństwowioną wcześniej część posesji, która stała się terenem dla rozbudowy sanktuarium.
Po odwołaniu Notyfikacji (1978) kult Miłosierdzia Bożego znów zaczął się dynamicznie rozwijać. Zgromadzenie wydało „Dzienniczek” Siostry Faustyny (1981), jej życiorys i obrazki, a w kaplicy uroczyście celebrowano zapoczątkowane w 1943 nabożeństwa ku czci Miłosierdzia Bożego w trzecie niedziele miesiąca, które wkrótce (1979) kard. Franciszek Macharski przeniósł na trzecie piątki miesiąca. Zapoczątkowano też w każdy czwartek Msze do Miłosierdzia Bożego w intencjach próśb i podziękowań wiernych zanoszonych przez przyczynę Siostry Faustyny. W 1985 roku metropolita krakowski Franciszek kard. Macharski wprowadził w całej diecezji w pierwszą niedzielę po Wielkanocy święto Miłosierdzia, którego centralne uroczystości (od czasu II wojny światowej) tradycyjnie odbywają się w łagiewnickim sanktuarium. Ojciec Święty Jan Paweł II już w 1985 roku nazwał to miejsce „stolicą kultu Miłosierdzia Bożego”.
Na dynamiczny rozwój kultu i sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach wpłynęły m.in.: encyklika Jana Pawła II „Dives in misericordia”, beatyfikacja (18 kwietnia 1993) i kanonizacja (30 kwietnia 2000) Siostry Faustyny dokonane w Rzymie przez Ojca Świętego Jana Pawła II, jego dwie papieskie pielgrzymki do sanktuarium (1997, 2002), pielgrzymka papieża Benedykta XVI (2006) i papieża Franciszka (2016) oraz bardzo liczne publikacje na temat życia i misji Apostołki Bożego Miłosierdzia. Już 22 czerwca 1968 roku kard. Karol Wojtyła wpisał kaplicę zakonną z cudownym obrazem Jezusa Miłosiernego i grobem wówczas sługi Bożej Siostry Faustyny na listę sanktuariów archidiecezji krakowskiej, a 1 listopada 1992roku kard. Franciszek Macharski wydał dekret erekcyjny, oficjalnie ustanawiający kaplicę klasztorną pw. św. Józefa – Sanktuarium Bożego Miłosierdzia. W 1993 roku dokonano translacji i doczesne szczątki Siostry Faustyny przełożono do nowej trumienki z drzewa sandałowego, którą umieszczono na ołtarzu pod łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego (projekt Stefana Dousy). W 1994 roku przed ołtarzem ustawiono marmurowy klęcznik z cząstką relikwii za szkłem, aby pielgrzymi mogli je uczcić, a na ścianach wokół kaplicy umieszczono gabloty wypełnione wotami. Przy wejściu do kaplicy klasztornej w 1998 roku umieszczono płaskorzeźbę Ojca Świętego Jana Pawła II upamiętniającą jego pierwszą pielgrzymkę do Sanktuarium (według projektu prof. Czesława Dźwiga), a w 2006 roku – tablicę upamiętniającą pielgrzymkę Benedykta XVI (projekt Andrzeja Zaradkiewicza). Natomiast w przedsionku kaplicy znajduje się tablica upamiętniająca Kościół Roku Jubileuszowego 2000. Na ścianie klasztoru (przy wejściu do klasztornej kaplicy) umieszczono w 1996 roku tablicę wskazującą pokój, w którym zmarła Siostra Faustyna (praca Cz. Dźwigaja). Przed kaplicą Męki Pańskiej ustawiono figury Jezusa Miłosiernego i św. Siostry Faustyny również według projektu Czesława Dźwigaja (2002). W czasie kolejnej, stopniowej renowacji ołtarzy i fresków, przeprowadzonej w latach 2015-2018, trumienkę z relikwiami św. Siostry Faustyny umieszczono pod mensą ołtarza, a przed ołtarzem w 2016 roku stanęła figura Apostołki Bożego Miłosierdzia dłuta artysty Piotra Idziego z ASP w Krakowie.
Kaplica zakonna nie mieściła pielgrzymów, dlatego w miarę możliwości Zgromadzenie podjęło rozbudowę sanktuarium. Najpierw pod kaplicą z łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego wybudowano kaplicę Męki Pańskiej (1986), do której obraz Matki Bożej Ostrobramskiej malował Leopold Kubica, obraz św. Siostry Faustyny z Jezusem – Helena Tchórzewska, a drogę krzyżową wykonała Maria Konarzewska. Następnie wybudowano ołtarz polowy (1988) na placu przed klasztorem według projektu Jana Grabarskiego i Mariusza Szefera i w 1996 roku plenerowe stacje drogi krzyżowej (projekt Cz. Dźwigaja). W 1998 roku strych klasztoru przystosowano do potrzeb nowicjatu, budując osobną kaplicę pw. Matki Bożej Miłosierdzia (w prezbiterium rzeźba Maryi i Marii Magdaleny pod krzyżem Jezusa dłuta Cz. Dźwigaja), a w dawnej infirmerii, w której zmarła Siostra Faustyna, urządzono oratorium dla sióstr (2000).
W 1996 roku Franciszek kard. Macharski erygował w sanktuarium Stowarzyszenie Apostołów Bożego Miłosierdzia „Faustinum”, zrzeszające kapłanów, osoby konsekrowane i świeckie z całego świata, które pod kierunkiem Zgromadzenia włączają się w misję św. Siostry Faustyny. W tym samym roku Metropolita Krakowski powołał Fundację do gromadzenia funduszy i kierowania rozbudową sanktuarium. 17 sierpnia 2002 roku papież Jan Paweł II konsekrował nową bazylikę i zawierzył w niej cały świat Bożemu Miłosierdziu. Do dyspozycji pielgrzymów oddano Dom Duszpasterski z zapleczem hotelowym i gastronomicznym (2003), wieżę widokową (2004), z której można oglądać Kraków i okolice oraz Kaplicę Wieczystej Adoracji (2004). Stopniowo urządzano i oddawano do użytku pielgrzymów kaplice w dolnej części bazyliki: w 2004 roku kaplicę Communio Sanctorum (dar Kościoła Węgierskiego), w 2005 roku – kaplicę św. Siostry Faustyny (dar Kościoła włoskiego), w 2007 roku – kaplicę św. Andrzeja Apostoła (dar grekokatolików z Polski i Ukrainy), w 2008 roku – kaplicę Matki Bożej Siedmiobolesnej (da Kościoła słowackiego) i w 2011 roku – kaplicę Krzyża Świętego (dar Kościoła w Niemczech).
Nowe obiekty w sanktuarium powstały według projektu Witolda Cęckiewicza. Jego autorstwa jest także wystrój prezbiterium bazyliki, w którego centrum jest obraz Jezusa Miłosiernego otoczony krzewem miotanym przez wichry, symbolizującym współczesnego człowieka miotanego przez różne wiatry i znajdującego ukojenie w Miłosierdziu Bożym. Kopie obrazu Jezusa Miłosiernego i Matki Miłosierdzia z Ostrej Bramy zdobiące wnętrze bazyliki wykonał Jan Chrząszcz. Przy wejściu do bazyliki umieszczono kamień węgielny z Golgoty poświęcony przez Ojca Świętego Jana Pawła II (1997) i kropielnicę (dar prezydenta A. Kwaśniewskiego dla Papieża w 2002). W kaplicy Wieczystej Adoracji płonie „ogień miłosierdzia” zapalony i pobłogosławiony przez Ojca Świętego Jana Pawła II (grudzień 2003) symbolizujący orędzie Miłosierdzia, które wierni mają nieść współczesnemu światu. Kształt ognia ma również ołtarz do wystawienia Najświętszego Sakramentu w kaplicy adoracji (projekt W. Cęckiewicza). W sanktuarium nadal prowadzone są prace związane z rozbudową, którą prowadzi Zgromadzenie Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia.
Charakter tego sanktuarium jest ściśle związany z charyzmatem św. Siostry Faustyny. Jego zadaniem jest głosić światu tajemnicę miłosierdzia Bożego przez czyn, słowo i modlitwę. Tej sprawie służą dawne i nowe dzieła prowadzone przez Zgromadzenie: Młodzieżowy Ośrodek Wychowawczy, Stowarzyszenie Apostołów Bożego Miłosierdzia „Faustinum”, wydawane od 1987 (od 1996 kwartalnik) „Orędzie Miłosierdzia”, Wydawnictwo „Misericordia”, głoszenie orędzia Miłosierdzia pielgrzymom, prowadzenie rekolekcji, dni skupienia, organizowanie sympozjów teologicznych, kongresów, strona: www.faustyna.pl (w 7 językach) i dzieła na niej prowadzone: transmisja on-line z kaplicy cudownego obrazu i grobu św. Faustyny, Nieustanna Koronka do Miłosierdzia Bożego, Koronka za konających, portale społecznościowe na Facebooku, transmisje telewizyjne i radiowe, współpraca teologami, ludźmi kultury, sztuki, mediów oraz podejmowanie wielu inicjatyw, służących tej sprawie. W tę misję głoszenia światu orędzia Miłosierdzia w 2002 roku włączył się powołany przez kard. Fr. Macharskiego Rektorat, w którym na stałe pracuje kilku kapłanów oddających się działalności duszpasterskiej i kilkudziesięciu penitencjarzy, a także pracownicy świeccy i wolontariusze.
Łagiewnickie Sanktuarium tętni życiem duchowym i apostolskim. Jest nie tylko miejscem wielu objawień (ponad 280), jakie tutaj miała św. Siostra Faustyna, ale i cudów, o czym świadczą choćby wota w kaplicy czy tysiące listów złożonych w klasztornym archiwum. Przed łaskami słynącym obrazem i przy grobie św. Siostry Faustyny modlą się pielgrzymi ze wszystkich kontynentów, a ci, którzy fizycznie nie mogą przybyć do tego świętego miejsca, korzystają z transmisji radiowych, telewizyjnych i on-line na stronie: faustyna.pl. Do tego miejsca można odnieść słowa, które Bóg powiedział do Mojżesza: Zdejm sandały, bo ziemia, na której stoisz – święta jest.
s. M. Elżbieta Siepak ZMBM